Lucas saute à l'eau pour aider Nathan à sortir Rachel et Cooper de leur voiture au fond de la rivière et les remonter à la surface. Finalement, tout le monde s'en sort vivant, mais Cooper quitte Tree Hill. Rachel lui a avoué qu'elle avait menti en lui disant qu'elle était enceinte. La fille qui avait un test de grossesse dans son sac à main au mariage était Haley qui, elle, est bel et bien enceinte, même si tout le monde croyait que c'était Brooke au départ. Cette dernière rompt avec Lucas car elle ne supporte plus leur relation. Après avoir introduit son ami Skills dans l'équipe, Lucas réintègre lui aussi les Ravens mais avec quelques restrictions à cause de son problème de c½ur.
Peyton fait une étonnante découverte : elle a un demi-frère, Derek, du côté de son père biologique. Elle fait sa connaissance, mais Lucas remarque que Derek semble avoir une attirance anormale pour sa s½ur. Celui-ci se révèle être un psychopathe qui tente d'agresser Peyton chez lui, mais Lucas et le vrai Derek interviennent à temps en le poussant par la fenêtre. Quand la police arrive, le psychopathe s'est enfui. Peyton tisse des liens avec son vrai frère, un militaire, qui lui apprend à maîtriser ses émotions et lui conseille de révéler ses sentiments à Lucas. Après son départ, Peyton avoue à Lucas qu'elle l'aime. Il ne réagit pas de la façon dont elle l'aurait espéré.
Debbie retombe dans l'alcool et les anti-dépresseurs. Sa dépendance l'éloigne de tout son entourage. Quand Dan lui avoue qu'il ne l'a jamais aimée et a toujours gardé des sentiments pour Karen, dont il s'est beaucoup rapproché au cours des dernières semaines, Debbie fait une tentative de suicide. Elle refuse d'aller au centre de désintoxication, mais Karen profite de ce qu'elle dort pour l'y emmener. Nathan, quant à lui, a fait un pacte avec le diable : il a promis à Daunte, un escroc, de perdre la finale du championnat de basket en échange des quinze mille dollars qui régleraient les problèmes d'argent de son couple. Mais prenant conscience que c'est le dernier match avant la retraite de Whitey, Nathan décide de faire passer en premier le rêve de son entraîneur : gagner le championnat.
Ils gagnent le match. Dans les cris de joies et les confettis, Lucas et Peyton s'embrassent et commencent pour la première fois à sortir ensemble officiellement. Plus tard, Daunte, pour se venger de Nathan, lui fonce dessus avec sa voiture, mais c'est Haley qui est renversée tandis que Daunte percute un mur avec sa voiture et meurt. Lucas assiste à la scène et le choc de voir ce qui arrive à son amie lui provoque une crise cardiaque. Dans le coma, il fait un rêve : Keith lui dit que ce n'est peut-être pas Jimmy qui l'a tué... Lucas et Haley se réveillent. Par miracle, le f½tus est sauf.
Brooke et Rachel, venues voler les réponses des examens à venir, se font surprendre par le directeur et donnent comme excuse qu'elles allaient à la réunion des "Clean Teens", un club d'ados décidés à garder leur virginité jusqu'au mariage. Elles intègrent le groupe contraintes et forcées. Le matin suivant, Chase, un nouvel élève qui plait tout de suite à Brooke, intègre le groupe ce qui la convainc d'y rester. Par contre, Rachel est renvoyée bien vite. L'histoire de Brooke et Chase durera peu de temps, tout comme celle de Micro avec la présidente du club, Shelly. On découvre que quelqu'un a volé les réponses de tests et c'est Rachel qui est désignée coupable. Elle est renvoyée du lycée. Haley, sa tutrice, est également renvoyée du centre de tutorat même si elle n'a rien fait de mal. Rachel décide de quitter Tree Hill.
Deborah sort du centre de désintoxication après quelques semaines. Elle rentre chez elle où ont emménagé Nathan et Haley depuis qu'ils ont quitté leur appartement à cause de leurs problèmes d'argent. Lucas essaie de convaincre Peyton d'aller au bal de promo. Celle-ci refuse avant de changer d'idée à la dernière minute. Alors qu'elle finit de se préparer, on sonne à la porte : c'est le faux Derek! Il la ligote dans son sous-sol avec Brooke, arrivée entre temps. Peyton utilise son charme pour les délivrer et elles livrent un combat acharné au psychopathe qu'elles finissent par mettre hors d'état de nuire. Grâce à cet événement, Peyton et Brooke redeviennent amies. Rachel quitte Tree Hill avec Micro, mais elle le laisse tomber et ses amis doivent le sortir de prison où il a été enfermé pour vagabondage.
Après que Keith lui ait dit dans son rêve que Jimmy n'était peut-être pas son meurtrier, Lucas mène son enquête et retrouve Abby, la fille diabétique que Jimmy avait laissé partir du local des otages, le jour de la fusillade. Elle s'était en fait cachée dans un petit local vitré et, à travers les stores, a vu Dan tuer Keith. Alors que Dan et Karen commencent à se fréquenter, Lucas dénonce son père à la police, mais Dan prétend que Lucas ment car il est perturbé par sa relation avec sa mère.
Dans l'épisode final de la saison, l'année scolaire est finie depuis deux semaines au lycée de Tree Hill et le problème de Nathan avec Daunte a refait surface. Les universités le rejettent car il a truqué des matchs pour régler sa dette avec Daunte. Nathan devra se contenter d'un avenir beaucoup plus banal que celui d'une star de basket. Brooke et Chase sont à nouveau ensemble et Rachel revient à Tree Hill. Tout le monde est heureux et tout rentre dans l'ordre. Karen et Haley ont accouché. Lucas et Brooke seront le parrain et la marraine de James, l'enfant de Nathan et Haley. Lily, la fille de Karen, sera élevée seulement par Karen, comme Lucas... Dan, qui s'est dénoncé, est mis en prison.
Peyton fait une étonnante découverte : elle a un demi-frère, Derek, du côté de son père biologique. Elle fait sa connaissance, mais Lucas remarque que Derek semble avoir une attirance anormale pour sa s½ur. Celui-ci se révèle être un psychopathe qui tente d'agresser Peyton chez lui, mais Lucas et le vrai Derek interviennent à temps en le poussant par la fenêtre. Quand la police arrive, le psychopathe s'est enfui. Peyton tisse des liens avec son vrai frère, un militaire, qui lui apprend à maîtriser ses émotions et lui conseille de révéler ses sentiments à Lucas. Après son départ, Peyton avoue à Lucas qu'elle l'aime. Il ne réagit pas de la façon dont elle l'aurait espéré.
Debbie retombe dans l'alcool et les anti-dépresseurs. Sa dépendance l'éloigne de tout son entourage. Quand Dan lui avoue qu'il ne l'a jamais aimée et a toujours gardé des sentiments pour Karen, dont il s'est beaucoup rapproché au cours des dernières semaines, Debbie fait une tentative de suicide. Elle refuse d'aller au centre de désintoxication, mais Karen profite de ce qu'elle dort pour l'y emmener. Nathan, quant à lui, a fait un pacte avec le diable : il a promis à Daunte, un escroc, de perdre la finale du championnat de basket en échange des quinze mille dollars qui régleraient les problèmes d'argent de son couple. Mais prenant conscience que c'est le dernier match avant la retraite de Whitey, Nathan décide de faire passer en premier le rêve de son entraîneur : gagner le championnat.
Ils gagnent le match. Dans les cris de joies et les confettis, Lucas et Peyton s'embrassent et commencent pour la première fois à sortir ensemble officiellement. Plus tard, Daunte, pour se venger de Nathan, lui fonce dessus avec sa voiture, mais c'est Haley qui est renversée tandis que Daunte percute un mur avec sa voiture et meurt. Lucas assiste à la scène et le choc de voir ce qui arrive à son amie lui provoque une crise cardiaque. Dans le coma, il fait un rêve : Keith lui dit que ce n'est peut-être pas Jimmy qui l'a tué... Lucas et Haley se réveillent. Par miracle, le f½tus est sauf.
Brooke et Rachel, venues voler les réponses des examens à venir, se font surprendre par le directeur et donnent comme excuse qu'elles allaient à la réunion des "Clean Teens", un club d'ados décidés à garder leur virginité jusqu'au mariage. Elles intègrent le groupe contraintes et forcées. Le matin suivant, Chase, un nouvel élève qui plait tout de suite à Brooke, intègre le groupe ce qui la convainc d'y rester. Par contre, Rachel est renvoyée bien vite. L'histoire de Brooke et Chase durera peu de temps, tout comme celle de Micro avec la présidente du club, Shelly. On découvre que quelqu'un a volé les réponses de tests et c'est Rachel qui est désignée coupable. Elle est renvoyée du lycée. Haley, sa tutrice, est également renvoyée du centre de tutorat même si elle n'a rien fait de mal. Rachel décide de quitter Tree Hill.
Deborah sort du centre de désintoxication après quelques semaines. Elle rentre chez elle où ont emménagé Nathan et Haley depuis qu'ils ont quitté leur appartement à cause de leurs problèmes d'argent. Lucas essaie de convaincre Peyton d'aller au bal de promo. Celle-ci refuse avant de changer d'idée à la dernière minute. Alors qu'elle finit de se préparer, on sonne à la porte : c'est le faux Derek! Il la ligote dans son sous-sol avec Brooke, arrivée entre temps. Peyton utilise son charme pour les délivrer et elles livrent un combat acharné au psychopathe qu'elles finissent par mettre hors d'état de nuire. Grâce à cet événement, Peyton et Brooke redeviennent amies. Rachel quitte Tree Hill avec Micro, mais elle le laisse tomber et ses amis doivent le sortir de prison où il a été enfermé pour vagabondage.
Après que Keith lui ait dit dans son rêve que Jimmy n'était peut-être pas son meurtrier, Lucas mène son enquête et retrouve Abby, la fille diabétique que Jimmy avait laissé partir du local des otages, le jour de la fusillade. Elle s'était en fait cachée dans un petit local vitré et, à travers les stores, a vu Dan tuer Keith. Alors que Dan et Karen commencent à se fréquenter, Lucas dénonce son père à la police, mais Dan prétend que Lucas ment car il est perturbé par sa relation avec sa mère.
Dans l'épisode final de la saison, l'année scolaire est finie depuis deux semaines au lycée de Tree Hill et le problème de Nathan avec Daunte a refait surface. Les universités le rejettent car il a truqué des matchs pour régler sa dette avec Daunte. Nathan devra se contenter d'un avenir beaucoup plus banal que celui d'une star de basket. Brooke et Chase sont à nouveau ensemble et Rachel revient à Tree Hill. Tout le monde est heureux et tout rentre dans l'ordre. Karen et Haley ont accouché. Lucas et Brooke seront le parrain et la marraine de James, l'enfant de Nathan et Haley. Lily, la fille de Karen, sera élevée seulement par Karen, comme Lucas... Dan, qui s'est dénoncé, est mis en prison.
